Pela las cebollas y córtalas en juliana fina. Ponlas en una sartén con un buen chorro de aceite de oliva y una pizca de sal. Cocínalas a fuego suave durante unos 25 minutos, removiendo de vez en cuando, hasta que estén muy tiernas y ligeramente doradas.
Mientras se hace la cebolla, ralla los tomates maduros y escúrrelos bien para que no suelten demasiada agua sobre la masa.
Extiende la masa sobre una bandeja de horno con papel vegetal. Pincha ligeramente la base con un tenedor y reparte encima la cebolla pochada. Añade después el tomate rallado bien escurrido, extendiéndolo de forma irregular, sin cubrir en exceso.
Hornea la coca a 180 ºC durante unos 15-20 minutos, hasta que la masa empiece a estar dorada y crujiente por los bordes.
Saca la bandeja del horno y coloca encima los boquerones abiertos, con la piel plateada hacia arriba. Añade las aceitunas negras cortadas en rodajas o picadas de forma gruesa
Vuelve a introducir la coca en el horno durante 3 o 4 minutos más. Los boquerones se hacen muy rápido, por lo que conviene no excederse para que mantengan toda su jugosidad.
Al sacarla, termina con un hilo de aceite de oliva virgen extra y unas hojas de perejil o albahaca fresca picadas. Sírvela templada, recién cortada, para disfrutar de todo el contraste entre la base crujiente y el sabor delicado de los boquerones.