Pelamos las cebollas y las cortamos en juliana. Cubrimos una sartén con una fina capa de aceite de oliva y cocinamos la cebolla con una pizca de sal. Dejamos que se cocine a fuego medio-bajo durante unos 25-30 minutos, removiendo de vez en cuando, hasta que esté tierna, ligeramente dorada y haya desarrollado todo su dulzor. Retiramos del fuego y dejamos templar.
Mientras se cocina la cebolla, cortamos la carne de membrillo en dados pequeños.
Extendemos la masa de empanada y la dividimos en dos o tres partes iguales. De esta manera, prepararemos dos o tres empanadas individuales.
Sobre una de las mitades de cada porción de masa colocamos un poco de cebolla pochada que ha de estar fría, unos dados de carne de membrillo y el queso de cabra desmenuzado. Dejamos libre aproximadamente un centímetro alrededor de los bordes para poder cerrarlas sin que se salga el relleno.
Pincelamos los bordes con un poquito de agua y doblamos la mitad de masa que hemos dejado libre sobre el relleno. Presionamos suavemente para que ambas partes queden bien pegadas. Ahora hacemos el repulgue para sellar el cierre: presionamos la masa con el dedo índice de la mano izquierda y, con el pulgar y el índice de la mano derecha, vamos recogiendo y doblando pequeños trocitos del borde sobre sí mismos, hasta completar todo el contorno. Así conseguiremos ese acabado artesanal tan bonito de las empanadas caseras.
Colocamos las empanadas sobre una bandeja cubierta con papel vegetal. Hacemos un pequeño agujerito en la parte superior de cada una para que salga el vapor y pincelamos la superficie con huevo batido. Introducimos en el horno precalentado a 190 °C, con calor arriba y abajo, durante unos 25-30 minutos, o hasta que estén bien doradas y la masa esté completamente cocida.